Раньше змей можно было часто встретить непосредственно у жилых домов и памятников архитектуры. В подвалах некоторых домов были настоящие «гадюшники» - змеиные гнезда.  Сейчас эти пресмыкающиеся обитают лишь в отдельных частях острова, прячась в каменных грядах, раскиданных по территории заповедника.

Ученые считают, что количество змей сокращается, в основном, из-за изменения ландшафта острова – луга, где обитают гадюки, постепенно зарастают деревьями, а каменные гряды, где они любят прятаться, разрушаются человеком.

Тем не менее, на Кижах все еще можно встретить таблички с предостережением: «Осторожно, змеи». Руководство музея даже подумывает, не убрать ли эти плакаты с глаз долой, чтобы не пугать зря туристов.

Целенаправленно уничтожать змей ученые не советуют не только из гуманных соображений, но с точки зрения экологии острова. Змеи уничтожают мышей-полевок, в шерсти которых развиваются личинки клеща-энцефалита. Сокращение количества змей уже привело к увеличению числа грызунов, что в свою очередь вызвало рост популяции клеща.  В результате, на Кижах впервые зафиксированы случаи заражения человека клещевым энцефалитом.