Хотя официальный приказ о его создании был подписан 3 января 1998 года, днем начала работы отдела принято считать первый день работы в музее основателя Плотницкого центра Николая Леонидовича Попова – 1 июля 1997 года. По знаменательному совпадению с 2006 года этот день отмечается в России как День реставратора.

Первыми сотрудниками центра стали его создатель Николай Леонидович Попов и Алексей Вячеславович Нестеров. В октябре 2008 года к ним присоединился Федор Викторович Штурмин. В центре работали и работают сегодня многие представители заонежских плотницких династий – прямые потомки строителей Кижских храмов. Сегодня в центре трудятся 13 человек под руководством реставратора высшей категории Андрея Львовича Ковальчука, возглавляющего отдел с 2002 года.

За 20 лет существования центра его сотрудники проводили работы различной степени сложности практически на всех памятниках музея-заповедника "Кижи", включая объект Всемирного наследия – архитектурный ансамбль Кижского погоста. Плотники в совершенстве освоили не только мастерство реставратора, но и "шитье" традиционных лодок-кижанок, изготовление архитектурных и учебных макетов, экспозиционного оборудования, а также  кузнечное дело, производство смолы, промышленный альпинизм, работу с металлоконструкциями и много другое.

Помимо десятков отреставрированных памятников деревянного зодчества, на счету Плотницкого центра подготовка успешных выставок в России и за рубежом. Экскурсия в Плотницкий центр на протяжении трех сезонов является одной из самых востребованных дополнительных музейных программ.

В 2014 году на базе Плотницкого центра открылся Учебно-методический центр по сохранению памятников деревянного зодчества. Фактически, тем самым музей выполнил рекомендацию экспертов ЮНЕСКО, которые неоднократно говорили, что уникальный опыт кижских реставраторов следует распространять по всему миру. Осенью на базе Плотницкого центра пройдут первые в России международные курсы ИККРОМ по консервации и реставрации памятников деревянного зодчества, в которых примут участие специалисты из 15 стран.

"Когда к нам на остров приезжают миссии ЮНЕСКО для наблюдения над реставрацией Преображенской церкви и мы просим у них совета, они отвечают, что не могут советовать нашим специалистам, поскольку больше ни у кого в мире нет такого  памятника, такого проекта и такого опыта" – сказала руководитель службы по обеспечению сохранности и целостности историко-архитектурного комплекса Татьяна Незвицкая.

"Вам должно постоянно икаться, потому что о Плотницком центре говорят везде: в Министерстве культуры, на профессиональных форумах, за рубежом. Вы сумели стали образцом для коллег" - отметил Виталий Скопин, реставратор высшей категории, руководитель архитектурно-реставрационного центра "Заонежье", много лет участвующего в работах на Преображенской церкви.

"Я часто предлагаю туристам сравнить работу плотников, строивших Преображенскую церковь, с работой специалистов-реставраторов Плотницкого центра. Как и меня самого, гостей поражает полная идентичность старых и новых деталей", – рассказал специалист по просветительской работе, один из лучших экскурсоводов музея, Алексей Исаев.